在纽约市的下水道里，四只小乌龟和一只小老鼠因接触放射性凝胶而成为巨大的人性化生物。易怒但充满激情的拉斐尔（乔什·派斯饰）、米开朗基罗（米其林·西斯蒂饰）、多纳泰罗（莱夫·蒂尔登饰）和他们的领袖达·芬奇（大卫·福曼饰），四只熟练的忍者龟都肩负着消除暴力、确保纽约市和平的神圣使命。他们的勇气令人难以置信，他们的对手也不相上下。在经历了多次侠义行为后，他们与城市中的一个神秘组织结下了不解之缘。神秘组织发动突袭，由于寡不敌众，忍者龟身受重伤。与此同时，他们的老师也被这个神秘的组织抓走了。