公元2220年，曾被用来保护地球和人类的大和号在宝瓶座海域休眠了17年。在经历了长期的和平之后，地球正面临着最大的危机。一个代号为“小瀑布”的黑洞正以极快的速度接近太阳系，人类赖以生存的蓝色星球即将消失。为了找到一线希望，人类开始实施大规模的移民计划，在运输船的帮助下，人们分批移民到瑟兰系统的阿玛尔。然而，在这个过程中，运输船在星际联盟中被外星生命视为侵略者，遭受了毁灭性的打击。古晋的妻子阿雪也在最近的一次护送行动中失踪。距离地球毁灭还有不到一个月的时间，顾进被任命为第三移民护航舰队的总司令，全新的大和号也在这次移民中复活了。。。本片改编自松本零的同名原作。